利用MiSeq测序技术分析锦江牛瘤胃细菌多样性

本研究旨在利用MiSeq高通量测序技术揭示锦江牛瘤胃细菌组成及多样性。选用3头装有永久性瘤胃瘘管的锦江牛成年公牛[体重（400±20） kg]，采集瘤胃液样品后提取细菌DNA，对瘤胃细菌的16S rDNA序列V4~V5区进行MiSeq测序，分析物种的丰度、分布及α-多样性。结果表明：3个样本共获得56 763条高质量16S rDNA序列，946个分类操作单元（OTU），锦江牛瘤胃细菌丰富度指数Chao指数、Ace指数分别为836、841，α-多样性指数Shannon指数、Simpson指数分别为4.96、0.021 5；经过物种注释，15个门、23个纲、26个科以及44个属在所有样品中被鉴定。在门水平，拟杆菌门（Bacteroidetes）（64.37%）、厚壁菌门（Firmicutes）（21.20%）和变形菌门（Proteobacteria）（7.59%）数量最多；在纲水平，主要包括拟杆菌纲（Bacteroidia）（52.88%）和梭菌纲（Clostridia）（17.03%）；在科水平，主要包括普雷沃氏菌科（Prevotellaceae）（36.26%）、瘤胃菌科（Ruminococcaceae）（9.33%）和毛螺菌科（Lachnospiraceae）（4.89%）；在属水平，优势细菌主要包括普雷沃氏菌属（Prevotella）（28.97%）、帕拉普氏菌属（Paraprevotella）（3.08%）、理研菌属（Rikenella）（2.28%）、梭菌_Ⅳ（Clostridium Ⅳ）（1.77%）、解琥珀酸菌属（Succiniclastium）（1.62%）和瘤胃球菌属（Ruminococcus）（1.53%）。结果证明，锦江牛瘤胃细菌多样性相对较低；锦江牛瘤胃中最优势菌门是拟杆菌门（Bacteroidetes），其次是厚壁菌门（Firmicute）；普雷沃氏菌属（Prevotella）是锦江牛瘤胃中最优势细菌属。