采用聚合酶链式反应-变性梯度凝胶电泳技术分析小熊猫胃肠道菌群的多样性

本试验旨在研究小熊猫胃肠道菌群多样性。采用聚合酶链式反应（PCR）-变性梯度凝胶电泳（DGGE）技术结合条带的克隆测序、聚类分析和主成分分析（PCA）检测小熊猫胃肠道菌群结构及多样性。结果表明：1）PCR-DGGE图谱显示小熊猫胃肠道中有大量菌群，且不同部位的菌群结构存在一定的差异，相邻肠段菌群结构具有一定的相似性。结肠和粪便样品的菌群多样性较高，其次为胃和直肠样品，而空肠和回肠样品菌群多样性较低。2）小熊猫胃肠道菌群PCR-DGGE图谱中测序的条带大多数归为厚壁菌门（Firmicutes）、拟杆菌门（Bacteroides）、变形菌门（Proteobacteria）和疣微菌门（Verrucomicrobia），共性条带主要是未培养拟杆菌门细菌（uncultured Bacteroidetes bacterium）、粪肠球菌（Enterococcus faecalis）、未培养梭状芽孢杆菌（uncultured Clostridium sp.）、乳酸乳球菌（Lactococcus lactis）和食窦魏斯氏菌（Weissella cibaria），其中厚壁菌门为优势菌群；特异性条带主要是丛毛单胞菌（Comamonas sp.）、梭菌属（Clostridium sp.）和Akkermansia。由此可见，小熊猫胃肠道中栖息着大量菌群，且其多样性按照胃肠道由前至后的顺序呈现高-低-高的趋势。